miércoles, 5 de junio de 2013

Gestores Bibliográficos


A continuación verán cuáles son las dificultades de la catalogación manual y las posibilidades que nos brindan los gestores de referencias bibliográficas para sortear esta problemática.

 
Dr. Daniel Luna

 
  Gestores bibliográficos, ¿qué son? Y para que quiero aprender a usarlos????

Cuantas veces se habrán encontrado luchando con los corchetes y los números cambiando una lista interminable de citas bibliográficas porque se les ocurrió agregar una nueva referencia en el medio del texto.
O cuantas veces  tuvieron que repetir una lista de referencias, debido a que lo que estaban escribiendo era un tema tratado por uds y muchas de las citas se repiten en sus otros escritos.
Más sencillo, no pensaron en alguna vez en algún sistema que “les ordene” sus citas o artículos que van encontrando por ahí sin tener que estar creando carpetas y mas carpetas con nombres que después no nos acordamos que tenían adentro? Y ni pensar si después se nos ocurre buscar por autor!!!
Un Gestor Bibliográfico en una herramienta que les resultará de gran utilidad a la hora de resolver estos problemas.
Todo profesional del ámbito de la Salud conoce la dificultad que presenta la organización del volumen creciente de información con la que nos manejamos día a día: libros, artículos, revistas, trabajos y demás producciones científicas se van acumulando continuamente y es difícil mantener en orden el cúmulo creciente de información en nuestra biblioteca personal. La desorganización dificulta la tarea de tener la información disponible, como fuente de referencia, en el momento que sea necesaria. Los intentos por ordenar un archivo personal suelen ser tan numerosos como ineficaces, debido tanto a la dedicación que requiere, como a una mala organización sistemática en su planteamiento y realización. A continuación verán cuáles son las dificultades de la catalogación manual y las posibilidades que nos brindan los gestores de referencias bibliográficas para sortear esta problemática.
Dificultades de la catalogación manual
En general, al querer ordenar la información disponible en sus diferentes formatos, se suele comenzar con una clasificación temática, disponiendo físicamente los documentos de acuerdo con un orden predeterminado y que, en el ámbito de la salud, suele corresponderse con las distintas especialidades médicas, por órganos o por sistemas. Este intento es válido para colecciones de documentos pequeñas y relativamente estables en el tiempo pero, rápidamente se hace insuficiente por tres motivos:

•  la ubicación física impide situar un documento en dos o más categorías temáticas
•  es difícil adecuar el crecimiento de la colección con el espacio físico disponible para cada tema
•  la localización de un documento concreto se convierte en una ardua tarea, cuando el archivo sobrepasa un determinado tamaño.
Otro esbozo por lograr el ordenamiento de la información es tomar toda la colección y numerarla secuencialmente. De esta manera se obtienen secuencias intercaladas de artículos, libros, revistas, etc. A su vez, se debe realizar un catálogo para poder recuperar esa información, la forma más común es la realización de fichas ordenadas por el criterio que se crea más conveniente: temas, autores, anatomía, especialidades. Pero esto lleva a realizar una ficha por cada forma en que se quiera recuperar la información a posteriori. Es decir, se debe crear una ficha con autores, ordenada alfabéticamente que señale el número secuencial de ordenamiento de la colección y lo mismo se debe hacer si se quiere tener un ordenamiento por temas, materias o sistemas. La realización manual de este tipo de catálogos requiere tiempo, y la búsqueda, si bien gana en sensibilidad respecto a otros métodos, no deja de ser laboriosa.

Otro problema del citado y referenciado manual, es el error que puede existir concerniente al empleo de citas en artículos científicos. Un trabajo del British Medical Journal mostraba que en seis revistas científicas de importante renombre, el 15% de las referencias estaban mal citadas. Este tipo de errores de publicación desorienta a los lectores y produce malestar a los autores de los artículos mal citados, ya que su trabajo puede no ser encontrado en el futuro. Además este tipo de errores puede llevar al rechazo de la publicación de un artículo científico en una revista.
Soluciones informáticas de catalogación

Estos problemas pueden solucionarse con un sistema informático de indexación de referencias, ya que en éstos, las referencias se ingresan una única vez, (con toda la información pertinente a ser luego recuperada) generándose índices que permitirán búsquedas rápidas y complejas. Y los datos son obtenidos, principalmente, de bases de datos bibliográficas que estandarizan la forma en la que se ingresan, evitando los errores de la indexación manual.

Este tipo de soluciones informáticas estuvieron inicialmente disponibles únicamente para bibliotecas y grandes centros de información. Hoy en día para gestionar un archivo bibliográfico con ayuda de una PC, existen varias opciones disponibles que van desde el uso personalizado de gestores de bases de datos relacionales clásicos, gestores de información documental dirigidos a usuarios finales, hasta programas dedicados en exclusiva a manejar bases de datos de referencias bibliográficas, que son, sin duda, la mejor opción.
Describiré las características generales y un breve comentario de los que, a mi juicio, presentan mayores prestaciones como son EndNote y Zotero.
Gestores de referencias bibliográficas

Los gestores de referencias bibliográficas fueron originalmente concebidos para facilitar la tarea de dar estilos de formato (styles) a las citas al escribir trabajos científicos (hay muchísimos estilos de formato). Sin embargo, no sólo sirven para brindar un estilo a nuestras citas bibliográficas, sino que también permiten:

• Estandarizar el ingreso de datos
• Indexar automáticamente
• Ofrecer distintos criterios de búsqueda
• Importar registros
• Citar mientras escribimos
• Utilizar un estándar de comunicación
Estilos de formato (styles)

Un estilo se refiere a la forma en que se estructura la información de la referencia, cuántos nombres de autores se incluyen, si el nombre de la revista se escribe completo o de forma abreviada, etc. El estilo de citación con más historia en Medicina es el estilo Vancouver. Muchas veces cuando queremos publicar, se nos solita un estilo en particular; los gestores entonces nos resuelven el problema, “armando” el estilo por nosotros.
Estandarización el ingreso de datos

El ingreso de datos en estos programas se hace utilizando registros con estructuras predefinidas que representan los diferentes tipos de publicaciones: artículos de revista, libros completos, capítulos de libros, tesis, informes, etc. Cada uno de los registros se compone de diferentes campos, que van desde los comunes como autores, año, fuente, resumen, palabras clave, etc., junto con campos específicos del tipo de publicación, como ser una dirección de Internet o URL.
Indexación automática

Los campos son de extensión variable y pueden tener múltiples valores y atributos específicos. Todos los campos son automáticamente indexados, por ende permiten su recuperación. Por ejemplo, al ingresar manualmente el nombre de un autor “Schwarzenegger, Arnold” mientras se escriben las primeras letras “Sch”, la base de datos irá mostrando si existe algún autor (ingresado previamente) que se escriba de forma similar para evitar errores de ingreso (ya que es muy común la repetición de información en ciertos campos, por ejemplo, varios libros escritos por el mismo autor).
Opciones de Búsqueda

Una de las características más importantes de estos programas son las opciones de búsqueda que brindan, tanto dentro de nuestra base de datos, como en bases remotas (por ejemplo, -Búsqueda en MEDLINE, en Library of Congress, etc.). Las búsquedas se suelen realizar en campos determinados (autor, título, año, etc.), aunque también existe la posibilidad de buscar en toda la base de datos. En el proceso de búsqueda es posible acceder a la lista de términos de los campos indexados y construir búsquedas complejas en varios campos o combinando términos mediante los operadores booleanos clásicos (AND, OR, NOT).
Importación de registros

Una de las características más apreciadas de este tipo de programas es que ofrecen filtros que permiten convertir e importar datos bibliográficos de fuentes externas como ser: catálogos en línea, en CD-ROM, catálogos locales, etc. De esta manera, pueden conectarse a la base de datos MEDLINE o la base de datos de la Library of Congress, buscar una cita y descargarla a la base, sin necesidad de generar un archivo intermedio de descarga.
“Cite While you Write” (en español “cita mientras escribes”)

Permite insertar las referencias de nuestra base de datos a un procesador de textos de forma automática, permitiendo tener todas las citas de nuestro texto ordenadas por “orden de aparición” al final del documento.
Utilizan un estándar de comunicación

El estándar se denomina Z39.50. Se trata de un protocolo cliente-servidor para la búsqueda y recuperación de información desde una base de datos remota. Es un estándar de comunicación ISO mantenido por la “Library of Congress” ampliamente utilizado por bibliotecas y programas gestores de referencias bibliográficas. Este protocolo estructura la forma en la que uno consulta y recupera información de una biblioteca, por ejemplo, el campo Autor tiene el código 1003, por lo tanto no importa el nombre que utilicen las bases remotas (Autor [esp], Author [ingl], Verfasser [alem]) ya que todas usan el mismo código 1003 y pueden comunicarse entre sí.
Veamos entonces un mínimo resumen sobre los gestores
EndNote

Es uno de los programas de gestión de referencias más utilizados, por su versatilidad y sus posibilidades. Tiene total integración con los procesadores de texto más conocidos (Word, Open Office Writer 3 y Apple pages 09) y es fácil de utilizar. Podrán encontrar más información en http://www.endnote.com/

La última versión es el Endnote X3 que contiene un extenso set de filtros de importación y estilos de citación (para libros, capítulos, artículos, etc). Tiene acceso a bases bibliográficas en línea como ser MEDLINE, Library of Congress y muchas más, gracias - al protocolo de comunicación Z39.50. Permite la incorporación de archivos e imágenes a las referencias, de esta manera podemos tener los PDFs - de los artículos dentro de nuestra base de datos, brinda la posibilidad de crear bibliografías múltiples dentro de un mismo documento e incluye una cuenta web que permite la sincronización entre el escritorio personal y la web.
Para descargar esta versión de prueba ingresen a http://www.endnote.com/ y hagan clic en la opción “Download a free trial” en el menú derecho.
Al iniciar el programa EndNote el programa le preguntará con qué biblioteca (library) quiere trabajar. Seleccione “Create a new EndNote library” (crear una nueva biblioteca de EndNote) Ingrese el nombre “Medicina interna” a la biblioteca de EndNote que va a crear. Ubique dónde quiere guardar el archivo. Por defecto los archivos se guardan en “Mis Documentos”.
Podrán ver que EndNote está estructurado de la siguiente forma:

• Menú de Opciones: posee las opciones de File (Archivo), Edit (Edición), References (Referencias), Tools (Herramientas), Window (Ventana), Help (Ayuda).

• Barra de herramientas: dónde están representadas las opciones más utilizadas.

•  El Panel de Referencias: aquí se muestran las referencias de la biblioteca seleccionada, la primera columna mostrará un clip si la referencia contiene un archivo adjunto. Luego, aparecerá el apellido del primer autor, el año, el título, el nombre de la revista, el tipo de referencia, la URL y la última fecha de actualización.

•  El Panel Tabulado: tiene la solapa Preview (vista previa) que mostrará cómo queda la cita según el estilo que hayan seleccionado (por defecto el estilo es el “Annotated”) y la solapa Search para buscar una cita en la biblioteca seleccionada o en una base de datos en línea.

• El Panel de los Grupos: ubicado a la izquierda, lista varios grupos de referencias para una rápida recuperación.
Ingresando una Referencia Nueva

Para ingresar manualmente una referencia, hagan clic en el botón   (new reference / nueva referencia) de la barra de herramientas. Aparecerá una ficha de carga estructurada, en nuestro ejemplo, vamos a ingresar el Libro “Compendio de Medicina Interna” de Farreras-Rozman., como ustedes pueden ver en la siguiente figura.
Lo primero que deben hacer al ingresar una nueva referencia es poner el Reference Type (tipo de referencia) que estamos ingresando. En nuestro caso es un Book (Libro) pero podría ser Journal Article (artículo de revista), Thesis (Tesis), etc. Verán que, dependiendo el tipo de referencia seleccionado, son distintos los campos estructurados que les ofrece EndNote.
Consultando a la base de datos MEDLINE

MEDLINE es una base de datos remota más, así que la conexión a MEDLINE es idéntica que a la de cualquier biblioteca.

Abriendo la base de datos que hayan creado podrán conectarse a la base de datos remota de la “National Library of Medicine” (Natl Lib of Medicine). Esto les permitirá, entre otras opciones, buscar una cita utilizando alguno de estos datos: Title, Author y Year (como verán están en ingles, que es el idioma de la herramienta)
Zotero

En el año 2006 la Universidad de George Mason desarrolló un software Open Source (código abierto y gratuito) para gestionar las referencias bibliográficas que funciona como un complemento de Firefox.
Zotero es hoy uno de los gestores de bibliografía más utilizados, que ha sido traducido a más de 30 idiomas incluyendo el español.

Firefox es un navegador de Internet Open Source (al igual que Zotero, es gratuito y puede descargarse desde Internet). Para descargar Firefox simplemente hay que ir hasta la página http://www.mozilla-europe.org/es/firefox/
Firefox funciona de forma similar al Internet Explorer de Microsoft. La diferencia radical está en que Firefox permite la instalación de “Complementos – Extensiones”. Estos son pequeños programas que se agregan al navegador de Internet y permiten realizar ciertas tareas. De este modo, uno puede instalar por ejemplo el Complemento de Zotero y el programa Zotero se incorpora a Firefox.

Una vez instalado Firefox, podemos pasar a descargar Zotero, para ello, utilizando Firefox ir a www.zotero.org (es de suma importancia que los pasos siguientes los haga desde Firefox, de otro modo Zotero no se instalará adecuadamente).

Allí encontrarán un botón que dice “Download” que descargará la última versión disponible de Zotero y la integrará a Firefox (Ver Figura).


El registro en la página principal de Zotero permitirá que la cuenta pueda sincronizarse con internet. Esto le permitirá trabajar de diversos lugares con Zotero y mantener integrada la información (por ejemplo puede tener instalado el programa en su casa y en su trabajo, ambos tendrán la misma información). También permite el trabajo colaborativo en grupos cerrados o abiertos (privados o públicos).
Organización de citas bibliográficas

Zotero sirve para “importar” citas bibliográficas desde diferentes páginas y bases de datos de Internet en el momento en que uno está recorriendo esas páginas. No es necesario que estemos conectados a Internet para usar Zotero; funciones tales como anotar, buscar y organizar están completamente disponibles sin conectarse, pero es evidente que de ese modo no podremos ver algunos ítems en línea de su recopilación ni conseguir determinados materiales en línea.

La ventana de Zotero contiene la totalidad de lo que denominamos su colección: las referencias bibliográficas y todos sus documentos y archivos, así como sus notas y otros ítems como imágenes e instantáneas de páginas Web.

Haciendo clic sobre el ícono de Zotero en el botón que aparece en la esquina inferior derecha del navegador se abre la ventana de Zotero dentro del Firefox.
Al abrirla, tenemos una pantalla con todas nuestras citas, nuestras colecciones y nuestras notas. Si recién instalaron Zotero, sólo verán la carpeta “Mi Biblioteca” vacía.
Zotero se puede cerrar haciendo clic sobre el ícono de la “X” en la parte superior derecha de la ventana de Zotero o haciendo clic de nuevo en el logo. Se puede abrir y cerrar la ventana de Zotero en cualquier momento mientras estamos utilizando Firefox. La ventana de Zotero no necesita estar abierta cuando nos disponemos a “guardar rápidamente” el material que queremos añadir a nuestra biblioteca de citas.

Podríamos descomponer al Zotero en 3 columnas:

• La columna de la izquierda que contiene nuestra biblioteca (“Mi Biblioteca”) y nuestras colecciones particulares, que son sub-apartados de “Mi Biblioteca”

• La columna central muestra los ítems que contiene la colección que hemos seleccionado dentro de la columna de la izquierda

• La columna de la derecha muestra información sobre el ítem que hemos escogido en la columna central.
Para comenzar a guardar ordenadamente las referencias nos dirigiremos a “Mi Biblioteca”. Ésta contiene todas las referencias, archivos y notas que hemos guardado, subido, bajado o escrito. Si deseamos incluir esos ítems en una colección específica (una carpeta específica), lo que tenemos que hacer es crear una nueva carpeta utilizando el botón “Nueva colección”. Luego, si la seleccionamos, todas las citas que elijamos se guardarán en dicha carpeta. Para mover citas entre carpetas simplemente arrástrelas hasta el ícono de la carpeta en cuestión. Cualquiera de nuestras colecciones puede componerse de un número ilimitado de sub-colecciones o sub-carpetas.
Para borrar un ítem o una colección simplemente debemos marcarlos y presionar la tecla “suprimir”.

Si presionamos sobre el botón derecho del mouse sobre los ítems o las colecciones se nos despliega un menú contextual que nos permite realizar otras acciones.
Funciones:

• Importar/Exportar colecciones, cambiar las preferencias
•  Agregar un nuevo ítem manualmente
• Crear un ítem a partir de la página actual, guardando la página como una captura adjunta
• · Agregar un ítem buscándolo por ISBN, DOI o PubMed ID (PMID)
•  Agregar notas
• Adjuntar archivos o capturas de pantalla
• Guardar una búsqueda como un ítem en la biblioteca. Esta búsqueda se actualiza automáticamente
El desarrollo de un sistema de archivo personal que gestione nuestras bibliografías y documentos es una necesidad. La manera más eficaz es utilizar un programa de gestión de base de datos bibliográficos personales; la elección del programa varía según nuestras necesidades. En cualquier caso, y a pesar de la ayuda de la informática, la constancia y el sentido común son las mejores virtudes para crear una biblioteca personal, organizada y útil.
Hemos desarrollado brevemente las funcionalidades de dos de los software existentes, solo a manera de introducción en el tema. Si ud desea más información sobre el uso de estas herramientas, puede consultar los cursos virtuales que ofrece el hospital italiano a través de su campus (http://campus.hospitalitaliano.org.ar)

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